L’antic cenobi de Sant Andreu de Tresponts era situat al terme del Pla de Sant Tirs, sobre el camí ral que seguia el curs del Segre, de la Seu d’Urgell vers Organyà, a la confluència del riu de Lavansa amb el Segre. En el seu origen aquest monestir apareix com Sant Iscle de Centelles, i es desconeix la regla que el regulava. L’any 839 aquest cenobi rebé la deixa del bisbe Sisebut d’Urgell d’un llibre d’Agustí d’Hipona, en el primer esment que es coneix del monestir. L’any 849 n’era abat Guisamon, que en aquesta data i en presència del bisbe Beat d’Urgell retornà a l’arxiprest Froilà les esglésies de Santa Eulàlia i Sant Joan de la vall de Lavansa que retenia injustament.
L’any 973 el prevere Bonanat reedificà el monestir, que al començament d’aquest segle sembla que havia passat per un període de decadència, i el cedí al seu germà Digne perquè el regís. A partir d’aquesta reedificació consta com Sant Andreu de Centelles o d’Entreponts, i passa posteriorment a l’actual Sant Andreu de Tresponts; aquestes denominacions fan referència als ponts que travessaven el riu en el tram que el camí ral recorria el congost.
Són nombrosos els documents dels segles X i XI en què apareix aquest cenobi. Principalment són testaments dels quals el monestir de Sant Andreu de Tresponts és beneficiari. El comte Borrell II de Barcelona-Urgell, en el seu testament del 993, li deixà un alou i 2 vaques. El comte Ermengol d’Urgell, en el seu testament del 1007, li deixà 2 unces d’or. Per altres deixes dels anys 1028, 1037, 1051, 1061, 1064 i 1065, el monestir rebé la dècima dels homes de la vila de Músser, 2 modis d’annona i 2 quintals de vi, 3 mancusos, una peça de vinya, 2 unces d’or, un alou i diversos béns mobles, animals i objectes personals del testador. L’any 1016 Guitard és documentat com a abat del monestir.
L’any 1004 el monestir de Sant Climent del Codinet, situat a la sortida del congost de Tresponts vers la Seu d’Urgell, fou unit al de Tresponts, el qual, després d’un cert període de vitalitat, vers l’any 1075, tornava a estar en decadència. L’any 1079 era unit pel comte Ermengol IV d’Urgell a Santa Maria de Ripoll, després d’un intent d’unirlo a Sant Llorenç de Morunys. D’aquesta manera el monestir de Sant Andreu esdevingué priorat de Ripoll, i els seus priors són documentats en els instruments d’aquest monestir fins l’any 1192, i després es van perdent les notícies sobre el cenobi. En la relació de la dècima dels anys 1279 i 1280, però, el prior de Sant Andreu d’Entreponts, del deganat d’Urgell, és exempt de pagar la dècima.
A la darreria del segle XV, en el moment de fer l’aplec de dades que s’utilitzaren per a redactar el Spill… del vescomtat de Castellbò, el monestir de Sant Andreu de Tresponts, inclòs al quarter d’Organyà, era del tot enderrocat, encara que continuava essent propietat del monestir de Ripoll; s’hi anota que “vuy té en comenda dit Priort micer Joan de Chiberri, germà de Machicot”. El priorat i el prior i vassalls de l’indret pagaven a la vescomtessa, per salvaguarda 30 sous anuals, per alberga 2 lliures anuals, “més 10 cistells de blat, mig de forment i mig d’ordi que rebia lo saig d’Organyà”.
En els censos dels primers anys del segle XVIII el lloc apareix com a despoblat. En relacions del 1849 i el 1860 ja s’indica l’existència del mas del Monestir.