Aquesta església es trobava dins el terme de la vila de Vic, fora de les muralles, a mitja hora vers llevant, propera a la carretera de Vic a Roda de Ter, ja en terme parroquial de Calldetenes. Fou sempre una simple capella rural, i durant un curt temps aplegà algun deodonat o deodonada. El nom li prové del mas Almunia, encara que la tradició popular ha fet que fos el lloc on defallí sant Francesc. El fet que Jacint Verdaguer recollís aquesta llegenda divulgà el fet arreu fins al punt que modernament l’indret és conegut com Sant Francesc s’hi moria. El fet és que des de l’any 1140 es coneix l’existència d’un mas Almonia o s’Almonia. No sabem si fou a iniciativa dels franciscans, que l’any 1225 ja s’havien instal·lat a Vic, que fou construïda la capella. Aviat apareixen notícies de la seva existència. L’any 1244 es féu una deixa d’un octau d’ordi a Sant Francesc d’Almunia. Després segueixen les deixes de manera abundosa, sempre esmentat el nom d’Almunia o Salmonia més tardanament (topònim del qual ha derivat efectivament l’actual s’hi moria). Entre els anys 1361 i el 1395 hi vivien deodonats o deodonades que feien d’ermitans de la capella, la qual es trobava prop del camí ral que anava de Vic al Cabrerès. Inclús el pont que permetia travessar el riu Gurri rebé el nom de pont de Sant Francesc d’Almonia. La capella primitiva fou renovada al llarg del segle XVIII i era l’edifici que perdurà fins a la guerra civil del 1936-1939, que fou destruït. Després els franciscans del convent del Remei de Vic esmerçaren els esforços necessaris per a la seva reconstrucció, la qual ha donat lloc a l’edifici neoromànic que s’aixeca avui dia al lloc de l’antiga capella de Sant Francesc.