Aquesta església formava part del conjunt catedralici dels primers temps. La primera notícia correspon a la seva consagració ocorreguda un 11 d’octubre, entre els anys 948 i 956, ja que fou feta pel bisbe Guadamir en presència del comte Borrell i de l’ardiaca Ansemon. El bisbe consagrà l’església de Sant Miquel Arcàngel. És possible que en aquesta capella hi fossin enterrats els primers bisbes vigatans, ja que el bisbe Borrell, mort l’any 1017, hi fou enterrat (el document corresponent especifica que fou a la cripta de sota l’església). No sabem exactament quan desaparegué aquesta església, però probablement cal pensar que fou arran de la construcció de la nova església romànica de Sant Pere que fou consagrada el 1038. En realitat a partir d’aquest moment de l’església de Sant Miquel ja no se’n parla més.