En l’acta de consagració del monestir de Sant Llorenç prop Bagà del 983 consta que el monestir posseïa a Aguilar l’església de Sant Joan, amb delmes i primícies, cases, terres i vinyes. Després no sabem res d’una església d’aquesta advocació. No sabem exactament si es tracta d’una església desapareguda o si després canvià d’advocació. Pensem que potser es tracta de l’anterior; en aquest cas, l’edifici primerament tingué l’advocació de Sant Joan, que després canvià per la de Sant Andreu.