Aquesta església es trobava dins l’antic terme del castell d’Aguilar, al seu costat mateix. Molt aviat degué tenir la categoria de parròquia del terme, que conserva en l’actualitat, bé que en un altre edifici i en un altre lloc. El lloc d’Aguilar és documentat des del 972; l’església pot ser la que amb l’advocació de Sant Joan apareix el 983 situada a Aguilar, la qual després experimentà un canvi d’advocació. Abans de 1154 apareix la parròquia d’Aguilar, sense que en sapiguem l’advocació real. En el cas que l’església de Sant Joan d’Aguilar correspongui a la de Sant Andreu tindríem que abans del 983 hauria passat a domini del monestir de Sant Llorenç prop Bagà, segons consta en l’acta de consagració d’aquest cenobi. Deixant de banda aquesta hipòtesi, l’església devia seguir els canvis de domini que sofrí el castell, fins al 1395 que era en mans del paborde de Manresa. L’edifici sofrí un abandonament progressiu a partir del segle XIV; pels volts del 1833 fou reconstruït de nou. Però la concentració de la població en el pla, al barri de l’estació, feu que després de la guerra civil de 1936-39 la parròquia fos traslladada a un nou edifici proper al barri, mentre l’antic restava totalment abandonat i enrunat enmig de les restes del castell.