Les zones de polimorfisme cariotípic, anomenades també freqüentment zones híbrides cromosòmiques, són regions on individus de poblacions diferenciades cromosòmicament entren en contacte, es reprodueixen i donen lloc a descendència amb un cariotip mixt. Les reordenacions de cromosomes poden tenir un paper important en la interrupció del flux gènic entre grups d’individus cariotípicament diferents, ja que actuen com a mecanismes d’aïllament postzigòtic, ja sigui impedint la formació d’híbrids, o bé produint híbrids de viabilitat reduïda o esterilitat parcial o total.