El convent de l’orde de les clarisses, fundat l’any 1263, tingué el seu primer estatge extramurs de Perpinyà, no lluny de la porta de Sant Martí, prop del camí de Tuïr. Molt aviat gaudí de la protecció dels bisbes d’Elna i del papat; en aquest sentit, hom sap que l’any 1271, el papa Gregori X, mitjançant una escriptura prengué aquesta comunitat sota la seva protecció i empara, i també es comprometia a defensar tots els béns que tenia o que pogués adquirir en el futur. Posteriorment, el papa Joan XXII, el primer de maig de 1323, concedí a dit convent els mateixos privilegis i Indults que havien estat atorgats a l’orde dels franciscans o framenors, mentre que el bisbe d’Elna Berenguer Batlle concedia quaranta dies d’indulgència a tots aquells que fessin almoina a les menoretes.
El convent de les clarisses canvià diverses vegades el lloc del seu assentament a causa dels eixamples urbanístics i la construcció de les fortificacions. Així, al principi del segle XVI les monges estaven Instal·lades prop de la porta d’Elna, i poc més tard, en un altre edifici situat entre les portes d’Elna i de Canet, sempre extramurs de la ciutat. Aquesta darrera fàbrica conventual fou demolida l’any 1548, quan l’emperador Carles V feu construir noves fortificacions i llavors ordenà la construcció d’un nou convent per a les clarisses dins la vila, en el qual s’instal·laren el 1550. Aquest nou monestir era situat en el solar que ocupa avui dia la presó civil. Les menoretes de Santa Clara hagueren d’abandonar llur convent durant la Revolució Francesa, i retornaren de bell nou a Perpinyà l’any 1805.