El lloc de Sancti lohannis, esmentat en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell, degué ser el centre de la vall de Sant Joan, possessió de la família Caboet, en feu de l’església d’Urgell i després dels seus hereus, els vescomtes de Castellbò. Al final del segle XV, la vall de Sant Joan era una de les batllies del quarter de Ciutat d’aquest vescomtat.
En la visita pastoral del 1758, Sant Joan Fumat era sufragània d’Asnurri, amb cementiri propi. L’església actual és d’una sola nau, amb un campanar de torre de planta quadrada i pis superior vuitavat adossat al mur de tramuntana. La nau acaba amb un gran absis, però no és d’època romànica, sinó que es va refer als segles XVII i XVIII i va ser restaurat fa pocs anys. Eclesiàsticament depèn de la parroquial d’Arcavell.