Aquesta església era situada prop de l’església de Sant Miquel de Ponts, construïda vora la torre o Bastida de Ponts i situada a l’actual Farga de Moles. En l’acta de consagració de Sant Miquel, l’església de Sant Cristòfol figura entre els béns amb què el prevere Cristià, fundador de totes dues esglésies, dotà Sant Miquel. L’any 990, un nebot del fundador, el prevere Cristià, va fer donació de la part que li corresponia de les esglésies de Sant Miquel i Sant Cristòfol de Ponts a favor del bisbe Sal·la i de Santa Maria de la Seu; el donador es reservava la propietat, mentre visqués, amb l’obligació de pagar a Santa Maria un cens anual en espècies. Quan l’any 1004 el comte d’Urgell Ermengol I donà Sant Miquel de Ponts al monestir de Sant Serni de Tavèrnoles, cal suposar que Sant Cristòfol, com a església supeditada a l’anterior, també passà al cenobi de Tavèrnoles.