D’aquesta capella, segurament d’origen medieval, no n’hi ha notícies històriques fins al segle XVIII. En la visita pastoral del 1758 a la parròquia de Sant Fructuós d’Aramunt consta que la capella de Sant Miquel estava en bon estat i tenia un sol altar. L’any 1904 fou segregada d’Aramunt i inclosa a la parròquia de Montesquiu.
Aquesta capella era el centre de la caseria de Sant Miquel, inundada pel pantà de Sant Antoni vers l’any 1918. A l’hivern del 1945, amb la baixada de les aigües del pantà, és descobriren abundants enterraments al voltant d’un edifici de naturalesa indeterminada. A partir d’aquest descobriment s’establí un possible origen romà del lloc. Podria relacionar-se aquesta església amb Sant Miquel dels Castells, església de la qual és desconeix l’emplaçament.