Aquesta església apareix esmentada en un document de l’any 987. Es tracta d’una escriptura mossàrab que fa menció d’un judici que tingueren els homes del castell d’Aguilaniu amb els de Jusseu a causa de la possessió d’un terç d’un pou saliner; el jurament, ordre del prevere Fortuny, va ser fet pels homes d’Aguilaniu “in domum Sancti Sebastiani martyris Christi”, de la qual casa el document no esmenta la localització.