El poble d’Aguilar, actualment despoblat, és situat al peu de la serra dels Avenlales, a l’esquerra de l’Éssera. Una de les primeres referències de la seva església data del 1170, any en què el bisbe Guillem Pere dotà la canònica de Sant Vicenç de Roda, “pro stabilitate et melioratione domus sua”, amb les quartes episcopals de l’església d’Aguilar. Posteriorment, ja a la darreria del segle XIII, en la relació d’esglésies i parròquies que contribuïren a sufragar la dècima papal recaptada durant els anys 1279 i 1280, figura l"’abat” d’Aguilar dins l’ardiaconat de Ribagorça, el qual aportà un total de 24 sous.
Hom sap que l’any 1493 l’ardiaca de Roda hi col·lectava un cens de 4 sous i 6 diners.
Tot i el seu origen romànic, l’actual església de Santa Maria d’Aguilar correspon a un edifici dels segles XVII-XVIII.