L’establiment de l’orde dels franciscans a Tarragona se situa anys abans del 1242 i consta, segons el cronista N. Feliu de la Penya, que el 1249, el bisbe de Vic els donà l’església de Sant Salvador del Corral a fi que, al seu costat, edifiquessin la seva residència conventual. Tanmateix, suposant que la fàbrica s’arribés a construir, no sembla pas que la seva utilització perdurés gaire temps, ja que al segle XIV el convent fou traslladat extramurs de la ciutat, dins la zona que comprèn l’actual església de Sant Francesc, a la Rambla Vella, i l’Institut d’Ensenyament Secundari Lluís Pons d’Icart.
De la darreria del segle XIII hi ha notícia que els framenors tarragonins reberen de l’arquebisbe Bernat d’Olivella l’any 1287, per via de llegat testamentari, la suma de 500 sous, com també reberen igual quantitat les menoretes de Santa Clara i els dominics. D’altra banda, al llarg del segle XIV, el convent de Sant Francesc percebia del consell municipal, anualment, un total de 15 lliures en concepte d’almoina, ja que estava sota la protecció de la ciutat; també, en alguns casos, la municipalitat els feia préstec de blat i altres productes que havien de retornar després de la collita o bé a compte d’aquesta almoina anual.
En el setge que patí la ciutat l’any 1462, durant la guerra civil catalana contra Joan II, l’edifici conventual dels franciscans, construït de nova planta, quedà força malmès, i fou aleshores quan els framenors intentaren instal·lar-se de nou en el seu antic estatge de la plaça del Corral, dita avui dia plaça de la Font. Malgrat que en un primer moment la municipalitat es mostrà favorable a la demanda que els franciscans li adreçaren en aquest sentit —segons s’extreu de l’acta del Consell Municipal del 6 de novembre de 1470—, se sap que, bé per dificultats urbanístiques o bé per qualsevol altra causa, s’abandonà aquest projecte i es decidí refer la fàbrica emplaçada a la Rambla Vella. Les obres de reedificació del cenobi eren ja força avançades l’any 1509, i poc després, quan una de les ales de l’edifici quedà enllestida, els framenors s’hi pogueren tornar a traslladar. Amb tot, els treballs de construcció continuaren durant aquesta centúria.
Amb posterioritat, durant la guerra dels Segadors, el convent dels franciscans sofrí noves destruccions, sobretot els anys 1640 i 1652, però fou altra vegada refet per la comunitat religiosa. Tanmateix, l’esfondrament més gran que tingué la fàbrica es produí el 3 de setembre de 1700, quan a causa d’una forta tempesta caigué un llamp en una torre pròxima al convent, dita la Torre Grossa, la qual contenia el principal arsenal de pólvora, bombes i granades que tenia la plaça de Tarragona; immediatament l’explosió i el foc deixaren el convent i l’església gairebé arrasats, i causaren, a més, desgràcies personals. A causa de la magnitud de la destrucció, es decidí alçar una nova fàbrica, mentre els religiosos s’establien provisionalment a l’hospital dels orfes del carrer de Vilamitjana, dit avui dia de les Coques. Les obres de refacció foren ràpides, de manera que el 1704, que ja era acabada una part de l’edifici amb una església interina, els framenors s’hi pogueren establir altra vegada. Els treballs de construcció continuaren en els decennis següents fins l’any 1758.
Hom té notícia que l’any 1794, el canonge catedralici R. Foguet llegà la seva important biblioteca i una col·lecció de peces arqueològiques a la comunitat de framenors; tot aquest llegat malauradament desaparegué durant l’escomesa que patí aquesta casa religiosa durant la guerra del Francès l’any 1811.
Els esdeveniments revolucionaris ocasionats durant el Trienni Liberal (1820-23) allunyaren temporalment els religiosos de la ciutat. El convent tornà a patir diverses destrosses de consideració fins que el restabliment del poder absolut el 1823 permeté el retorn dels framenors i la reparació de llur edifici conventual. Poc després, amb la supressió de les comunitats religioses regulars del 1835, els frares franciscans foren definitivament exclaustrats. Cal dir que, de bon principi, tant les dependències del cenobi com l’església foren destinades a diversos usos. Tanmateix el 1842, en una de les ales de l’edifici hi fou instal·lat el Govern Civil de la Província, mentre que la corresponent al claustre es convertí en Seminari de Mestres, i el 1849 en Institut Provincial de Segona Ensenyança. El temple conventual es transformà en parròquia urbana, i, encara que durant la Revolució de Setembre del 1868 serví interinament de quarter republicà, el govern de la Restauració tornà a l’església la seva funció de parròquia sota l’advocació de Sant Francesc, funció que exerceix encara en els nostres dies.