La principal activitat d’un anticòs és unir-se específicament a l’antigen corresponent. Per això hi ha moltíssims anticossos diferents, ja que, per exemple, un sol microorganisme disposa de múltiples antígens en la superfície cel·lular. Això no obstant, la unió antigen-anticòs és només una part del procés defensiu que involucra la immunoglobulina.
De vegades, la unió entre l’antigen i l’anticòs és suficient per a acomplir la missió encomanada a la immunoglobulina; per exemple, quan una IgG s’uneix a una molècula d’una determinada toxina elaborada per un germen i n’impedeix l’activitat perjudicial, podria deure’s al fet que en unir-se la immunoglobulina amb la molècula de toxina, li impedeix d’estimular un determinat receptor del sistema nerviós, que en aquest cas ja no podrà reconèixer la forma original de la toxina.
En altres ocasions, la unió de la immunoglobulina amb l’antigen no aconsegueix d’impedir-ne la perillositat. Per exemple, una IgG, o una IgM, pot unir-se a un dels múltiples antígens de la membrana cel·lular d’un microorganisme, i, tanmateix, no perjudicar el germen. Això no obstant, en unir-se amb l’antigen corresponent, generalment no finalitza la missió. L’altre extrem de la molècula de l’anticòs, corresponent a les cadenes pesants, té capacitat de provocar reaccions en altres substàncies plasmàtiques —com les proteïnes que formen el sistema de complement—, o en determinades cèl·lules —com els macròfags—, perquè puguin atacar el germen i destruir-lo. De fet, en aquest cas la funció de l’anticòs és de potenciar l’acció dels mecanismes implicats en la resposta immunitària inespecífica; els anticossos serveixen, doncs, perquè quan alguns dels gèrmens no tenen cap particularitat que permeti als mecanismes inespecífics de reconèixer-los, aquests puguin, tanmateix, advertir-ne la presència i, en conseqüència, destruir-los.
El cas de la IgE és molt especial, ja que es troba adossada sobre certes cèl·lules que intervenen en la reacció inflamatòria, com ara els mastòcits. En unir-se amb l’antigen, l’anticòs provoca una reacció en el mastòcit, que allibera una sèrie de substàncies enzimàtiques al medi exterior amb la finalitat de destruir l’antigen, augmentar la circulació sanguínia a la zona i afavorir l’arribada d’altres cèl·lules defensives. Aquesta reacció, denominada desgranulació de mastòcits, és el mecanisme implicat en les reaccions al·lèrgiques.