Les diverses reaccions del sistema immunitari es posen en marxa quan una partícula estranya qualsevol —és a dir que no forma part dels elements estructurals propis— accedeix a l’interior de l’organisme. Genèricament, les partícules capaces de desencadenar una resposta immunitària reben la denominació d’antígens. Normalment, un antigen és una molècula de natura proteica, amb una estructura tridimensional que és reconeguda específicament per certes cèl·lules immunitàries, cosa que posa en marxa els mecanismes de la immunitat adaptativa. Per exemple, el sistema immunitari no reconeix un microorganisme com a tal, sinó les diferents molècules antigèniques que el germen té en la seva superfície. Encara més: en realitat, els elements del sistema immune no reconeixen un antigen en la seva totalitat, sinó tan sols fraccions, denominades determinants antigènics, o epítops. Així, doncs, fins i tot l’accés d’una sola classe de microorganismes activarà múltiples reaccions immunitàries, cadascuna de les quals es desenvoluparà a partir del reconeixement de cadascun dels epítops que presentaran els diferents antígens. Aquesta és la raó que l’activitat del sistema immunitari sigui tan variada i complexa.
D’altra banda, com que hi ha memòria immunitària, pot diferenciar-se una resposta immunitària primària, quan es tracta de la primera vegada que un determinat microorganisme penetra en l’organisme, d’una resposta immunitària secundària, que es desenvolupa en els successius contactes amb l’antigen i que adquireix més rapidesa i eficàcia.
La resposta immunitària primària, doncs, es desencadena davant de la primera arribada a l’organisme d’un antigen determinat. A partir d’aquest fet, es posen en acció dos tipus de resposta immunitària, que, tot i que actuen conjuntament i coordinadament, tenen per base diferents mecanismes d’acció i afecten distints components del sistema immunitari: la resposta immunitària cel·lular, desenvolupada bàsicament per cèl·lules immunitàries —els limfòcits T—, que ataquen directament els elements agressors, i la resposta immunitària humoral, desenvolupada per molècules especials —els anticossos o immunoglobulines produïts pels limfòcits B—, que, a través dels líquids orgànics, arriben fins als agents agressors per desactivar-los o facilitar-ne la destrucció.