Després d’ésser absorbits en l’intestí i de passar a la circulació sanguínia, els aminoàcids procedents dels aliments ingressen a l’interior de les cèl·lules dels diferents teixits, on tornen a combinar-se entre ells per a formar noves proteïnes, segons les necessitats i les funcions de cada teixit.
La principal funció dels pròtids és de tipus plàstic, la qual cosa inclou donar suport a les cèl·lules i als microòrgans intracel·lulars i també servir d’estructura als àcids nucleics, als ferments digestius, a les hormones i a una gran quantitat d’elements que circulen pels líquids orgànics. Totes les cèl·lules de l’organisme tenen la capacitat de sintetitzar proteïnes a partir dels aminoàcids que hi incorporen constantment des de la sang i, al mateix temps, tenen una petita reserva d’aminoàcids. D’altra banda, els aminoàcids poden desplaçar-se des del medi intracel·lular a l’extracel·lular, per a dirigir-se d’un teixit a un altre. D’aquesta manera, l’aportació d’aminoàcids als diferents teixits es manté a nivells adequats durant períodes de dejuni més o menys llargs.
Tot i que la principal funció dels pròtids és de tipus plàstic, aquests nutrients també poden ésser utilitzats per l’organisme per a obtenir-ne energia. En condicions normals, és a dir, quan l’organisme rep una ingesta equilibrada, només es crema aproximadament un 20% de les proteïnes ingerides amb els aliments. Tanmateix, aquest percentatge és més alt quan l’aportació de carbohidrats i de lípids continguts en els aliments és baixa i quan l’aportació de les pròpies proteïnes supera les necessitats plàstiques de l’organisme. De la mateixa manera, en cas de nutrició deficient o de desnutrició, quan ja han estat esgotats els dipòsits de greix, l’organisme comença a cremar les pròpies proteïnes per a obtenir-ne energia i mantenir el seu funcionament.
L’obtenció d’energia a partir dels pròtids es realitza fonamentalment a l’interior de les cèl·lules hepàtiques i comença amb un procés anomenat desaminació. Aquest procés, que és particular per a cada tipus d’aminoàcid, dóna lloc a la formació de diversos elements, com ara àcid pirúvic, que les cèl·lules orgàniques poden utilitzar per a processos com la gluconeogènesi, és a dir, la formació de glucosa o glucogen a partir d’aminoàcids i la lipogènesi, o obtenció d’àcids grassos o triglicèrids a partir d’aminoàcids. Així, mitjançant els processos de gluconeogènesi i lipogènesi, l’organisme és capaç de sintetitzar carbohidrats i lípids a partir dels pròtids que hi han estat incorporats amb els aliments, o bé a partir dels pròtids que formen part de les seves pròpies estructures.
El producte final de la combustió dels aminoàcids —i per tant dels polipèptids i de les proteïnes en general— és l’amoníac, un compost nitrogenat que el fetge aboca constantment en la sang. Un cop en aquesta, l’amoníac es combina amb una molècula de diòxid de carboni i dóna lloc a la formació d’urea, que és la forma en què l’organisme es desprèn, a través de l’orina, dels productes finals del metabolisme proteic.
Durant la combustió i el metabolisme de les proteïnes es formen diversos productes que l’organisme tendeix a eliminar per l’orina, com ara l’àcid úric, l’excés del qual pot afavorir el desenvolupament de la gota i l’amoníac, que en condicions normals s’elimina per l’orina en forma d’urea i que en cas d’insuficiència hepàtica s’acumula en la sang i pot produir lesions en el sistema nerviós central.