Aquesta església, situada a la caseria de Folquer, bé que documentada tardanament, podria tenir un origen molt antic. La primera menció del lloc és de l’any 1010 (1019), en què Folcario de Comedols és l’afrontació nord de les Coromines de Seix, donades a Sant Miquel de Montmagastre per a la seva dotació. Sant Gili de Folquer depengué de Sant Pere d’Àger —segurament abans del segle XVII a través del priorat de Montmagastre—, però aquesta subjecció no consta explícitament fins al llibre de visita de l’arxipreste Francesc Esteva de 1757-58.