Es tracta de l’església parroquial del poble d’Anya, a la riba dreta del Segre. Ara és dedicada concretament a la Mare de Déu de l’Assumpció. Fou una parròquia dependent de l’abadia de Sant Pere d’Àger a través del seu priorat de Montmagastre. L’església d’Anya s’esmenta per primera vegada en la dotació de la canònica de Montmagastre del 1054, on figura la donació de la tercera part de la parròquia d’Anya. El 1095 els vescomtes Guerau Ponç II de Cabrera i la seva muller Estefania infeudaren els castells de Gavarra i Montmagastre, amb llurs castlanies, a Gombau Bertran i li atorgaren, entre altres béns, dues terceres parts de la parròquia d’Anya. Després de la desaparició del priorat de Montmagastre al segle XVI, Santa Maria d’Anya es convertí en una parròquia més de l’arxiprestat d’Àger, dins l’oficialat de Montclar.