Un procediment molt estès de manera rutinària en diverses parts del món és la circumcisió, és a dir, l’extirpació del prepuci que cobreix el gland. Des d’una perspectiva mèdica, aquest procediment només és indicat en cas de fimosi, en què l’estretor de l’obertura impedeix que el prepuci llisqui sobre el gland. Tanmateix, fins i tot en aquest cas, no se sol recomanar la intervenció en infants petits, perquè en molts casos es tracta d’un trastorn lleu, que pot resoldre’s més endavant realitzant regularment traccions suaus del prepuci. Hom havia preconitzat la circumcisió rutinària basant-se en uns estudis que la relacionaven amb una reducció del risc de patir un càncer de penis o en la dona, un càncer del coll de l’úter. No obstant això, d’altres estudis posteriors van poder demostrar que en les diferències entre els grups estudiats influïen més els factors racials o higiènics que no pas la circumcisió.
En definitiva, la pràctica de la circumcisió en el període neonatal es realitza en la majoria dels casos per una decisió personal dels pares, basada en creences religioses o costums socials. La relativa freqüència amb què es practica no significa que estigui per complet exempta de riscs. Com qualsevol intervenció, per senzilla que sigui, pot causar complicacions, com ara infeccions, hemorràgies o defectes estètics.
Abans d’efectuar la circumcisió, s’ha de descartar la possibilitat que l’infant tingui algun defecte de la coagulació que podria crear-li complicacions hemorràgiques, per la qual cosa cal realitzar primer les proves corresponents. En tot cas, la intervenció s’ha d’efectuar adoptant les mesures habituals de qualsevol altra, com ara observar les precaucions antisèptiques adequades i aplicar-hi algun tipus d’anestèsia, per a evitar-li el dolor. Si la intervenció és practicada per un especialista capacitat i s’observen les precaucions necessàries, les complicacions són rares.