La vinculació del territori del pla de Corts al monestir de Gerri, que es documenta des de l’any 834, és plenament confirmada l’any 1076, en què el comte Artau I donà al monestir de Gerri el castell de Montcortès i les parròquies del pla de Corts, que malauradament no apareixen relacionades en el document. Tedball de Vallferrera, pel seu testament datat l’any 1120, deixava una gran part del seu patrimoni a Santa Maria de la Seu d’Urgell, menys els castells de Montcortès i Peramea.
El 1128 s’ampliaren les possessions de Gerri a Monte Cortetano, amb la donació d’un mas que deixà en el seu testament Guillem Pere de Sersui, i l’any 1129, l’abat Guillem Bernat de Gerri cedí al sagristà Dalmau unes terres a Montcortès, possiblement les rebudes de Guillem Pere de Sersui. L’any 1149, amb motiu de la consagració de l’església del monestir de Gerri, Guillem Arnau de Perves li atorgà els drets i les dècimes que rebia del mas de Pere Aventí, situat a Montcortès. El 1180, l’abat Hug de Gerri feia una concòrdia amb Maria i el seu fill Martí Baró sobre el cens d’un alou a Montcortès. El 1247 el comte Roger II donava a la sagristia de Gerri diversos béns que rebia d’un capmàs de Montcortès, donació confirmada el 1290. Les possessions i els interessos que el monestir de Gerri tenia a la zona de Montcortès eren amplis i variats, com ho demostra la confirmació del 1312, en la qual es declara que el monestir era l’únic que tenia dret a pescar a l’estany de l’Àguila, a Montcortès; estany que ja li havia estat confirmat l’any 966 pel papa Joan XIII.
El 1427, el lloc de Montcortès, entre altres del pla de Corts, apareixia com un dels indrets excomunicats i posats en entredit per l’abat de Gerri, a causa de l’embargament del mer i mixt imperi feta pel comte de Pallars, per manament reial.
Si tenim àmplia constància dels interessos del monestir de Gerri en el lloc de Montcortès, no tenim gaires notícies de la seva església parroquial, que apareix esmentada el 1164 en la butlla del papa Alexandre III de confirmació dels béns del monestir, juntament amb les seves esglésies sufragànies de Sant Miquel de Calbera, Sant Romà de Benui i Sant Romà d’Aquaputida. L’any 1453, l’abat Pasqual de Cuberes proveí la parròquia de Sant Martí de Montcortès a favor d’Huguet Franci, com a possessió que era del monestir.
Al pla parroquial del 1904, Montcortès era una parròquia de l’arxiprestat de Gerri. Actualment està supeditada a la parròquia de la Pobleta de Bellvei.