L’indret on era construïda aquesta església és incert. Potser es correspon a alguna de les esglésies actuals conservades al terme de Montcortès. D’aquest lloc i de la seva església, se’n té coneixement gràcies a diversos documents, el primer dels quals és de l’any 1085, en què el comte Artau II cedí unes terres situades a la vila d’Aqua Pudeda. L’any 1115 el comte Artau III donava al monestir de Gerri el mas de Ramon Isarn, situat a la vila “quam vocant Aguaputida, infra terminos de Curtibus”. El mateix comte, l’any 1158, cedia a Rossebó i Adalez el capmàs de Ramon Guifré a la vila i el terme d’Aquaputida.
L’any 1164, entre les esglésies confirmades al monestir de Gerri pel papa Alexandre III, consta Sant Romà d’Aguaputida que, juntament amb Sant Miquel de Calbera i Sant Romà de Benui, eren sufragànies de Sant Martí de Montcortès.