La història del castell de Cuberes està estretament vinculada amb el monestir de Gerri. L’any 1050 (1048) el comte Artau I donà a Santa Maria de Gerri el castell de Cuberes amb els seus homes i termes. Artau II empenyorà el castell per 2.000 mancusos, de valor de quatre argents de plata cadascun, a Miró Arnau, el qual, l’any 1097, el cedí temporalment a Santa Maria de Gerri mentre el comte no el redimís amb la suma referida —1.500 mancusos en or o plata i 500 mancusos en muls i mules—. Mentre visqués, Miró Arnau tindria el castell en feu del monestir i la meitat dels esplets, els quals, a la seva mort, passarien a Guillem Armand i la seva descendència. Per la seva banda, el monestir percebria l’altra meitat dels esplets, que hauria d’invertir en l’obra del pont. L’any 1111 el castell de Cuberes encara no havia estat redimit; un plet i unes querimònies havien enfrontat l’abat Ponç i el seu castlà Guillem Armand. L’abat tornà a encomanar el castell, aquest cop amb dues terceres parts dels esplets, a Guillem Armand, mentre retenia la tercera part restant i la totalitat de les rendes eclesiàstiques.
Successius plets i definicions no aconseguiren posar fi a les conflictives relacions entre comtes, abats i feudataris pel castell de Cuberes. L’any 1144 el comte Artau III definia el castell a Santa Maria de Gerri, i el 1176 Artau IV en feia novament objecte de donació al monestir per la redempció dels pecats del seu pare i rebia de l’abat una compensació de 400 sous. Dos anys després l’abat Hug de Gerri establia una convinença amb Bernat d’Orcau, per la qual aquest posava fi a les queixes que tenia de l’abat, i aquest li infeudava el castell amb la meitat de les rendes, llevat de les d’una terra que fou dels Malmercat i dels drets eclesiàstics —l’església de Sant Sadurní de Cuberes havia estat confirmada a Gerri l’any 1164 pel papa Alexandre III—. L’any 1227 l’abat Frèdol i Pere d’Orcau sostenien un plet per les relacions que havien de tenir amb el castlà i per la potestat i els drets sobre el castell. Hom sentencià que l’abat encomanés el castlà a Pere d’Orcau, que el castlà només donés la potestat a l’abat si Pere fos fora del comtat i que Pere d’Orcau percebés els censos acostumats.
Com a part de l’abadiat de Gerri, el castell de Cuberes també fou afectat pels conflictes jurisdiccionals dels segles XIV-XV entre els abats de Gerri, els Pallars i els Foix, i els successius acords i pariatges.
Al cim del turó del despoblat de Cuberes, a l’extrem de llevant de la serra de Cuberes, hi ha una sèrie d’edificacions que es poden identificar amb les restes de l’antic castell de Cuberes.