El lloc de Sant Sebastià es presenta des del segle XII com un domini del monestir de Gerri; l’any 1188 l’abat Hug concedí la batllia del lloc i de Castellnou a Bernat de Castellnou i a la seva muller Agnès. Però no és fins el 1300 que apareix la denominació “castro beati Sebastiani” en una donació que feren Perico de Sant Sebastià, fill de Pere i de Guillema, amb la seva muller Geralda i amb el seu fill Perico, al monestir de Gerri d’un cens anual de sis sous melgoresos de tern percebuts sobre un alberg que tenen a la vila o terme del castell.
Als segles XIV-XVI Sant Sebastià conegué els mateixos conflictes i traspassos de titularitat del domini jurisdiccional que la resta de viles i castells de l’abadiat de Gerri.