L’esment més antic del lloc de Vilella és del 920, en la donació que els habitants de Baén feren a favor del comte Ramon, de tots els seus alous. Entre els límits d’aquests s’esmenta el coll de Vilella. En el darrer quart del segle XI, en l’inventari de terres del terme de Balestui que formen l’alou del monestir de Gerri en aquesta vila, és diu “que sunt ad ipsa Vilella ubi fuit primitus ipsa villa” de Balestui.
Vilella es mantenia dins l’òrbita del monestir, però l’any 1144 fou recuperat pel comte Artau III, qui cinc anys més tard, el 1149, en la consagració de l’església del monestir de Gerri, donà —o retornà?— la vila de Vilella al monestir.
Aquesta possessió és confirmada en la butlla del papa Alexandre III, del 1164, on és confirmen els béns del monestir. El patrimoni monàstic a Vilella s’engrandia el 1187 quan se li donà una terra a la coma de Vilella. L’any 1226 es documenta novament el domini del monestir, quan l’abat Frèdol cedí a Pere de Guàrdia i el seu fill Ramon una terra a Vilella.
De l’església de Vilella només coneixem un esment concret, de l’any 1082, quan l’església de Sant Pere de Vilella, entre d’altres, fou donada al monestir de Gerri pel comte Artau II, el seu germà Ot i la seva mare Llúcia.
L’església devia continuar com a possessió del monestir de Gerri i per aquesta raó no s’esmenta en les visites pastorals del bisbat d’Urgell.