La primera referència coneguda del lloc de Pujol data del 949. En el document de consagració de l’església de Sant Pere de Sestui, el vilar de Pujol és cedit a la nova església pel bisbe Guisad II d’Urgell. Entre el 1033 i el 1035, la comtessa Estefania i el seu fill, el comte Bernat, donaren al monestir de Gerri els alous de Corts, i les franqueses de Pujol. Al final del segle XI el monestir de Gerri cobrava quatre moltons de quatre masos que tenia a la vila de Pujol.
Les possessions de Gerri a Pujol s’incrementaren els anys 1227 i 1230, en què els comtes Guillema i Roger donaren uns masos de Pujol a la sagristia de Gerri.
A Pujol hi devia tenir també algunes possessions el monestir de Sant Pere del Burgal, car l’any 1337, en la concòrdia entre els monestirs de Gerri i de la Grassa sobre el priorat del Burgal, Gerri rebé diverses mesures d’oli, blat i altres drets dispersos en diferents llocs, entre els quals a Pujol, que queden reflectits en el capbreu de les possessions de la cambreria de Gerri, datat vers el 1338.
La referència més antiga que tenim de l’església de Pujol data del 1081, any en què Senior donà al monestir de Gerri una terra situada a Pujol, a l’apèndix de Sant Pere. En la butlla del papa Alexandre III de confirmació dels béns del monestir de Gerri, del 1164, hi figura l’església de Sant Pere de Pujol. El domini de Gerri sobre Pujol es fa patent l’any 1420, quan l’abat Jaume Sarrovira proveí la parròquia de Pujol a favor de Bartomeu Toralla. L’any 1428, el rector, Bernat de Toralla, de Pujol, juntament amb el ciutadà de Barcelona Arnau de Perebonet, són nomenats procuradors del batlle de Peramea i dels cònsols de Peramea, Pujol, Vilanova, Montcortès i Bretui, per tal de representar-los en l’afer de l’excomunió i entredit decretat per l’abat de Gerri contra aquests llocs del pla de Corts.
L’any 1457 encara consta que Pujol i la seva església eren de l’abadia de Gerri. D’aquesta església depenien les de Cortscastell, del mas de Moreres, i de Canals, aquesta darrera fins al 1904, en què passà a Peracalç. Actualment depèn de Gerri de la Sal.
L’església de Sant Andreu és un edifici que ha sofert al llarg del temps nombroses modificacions que fan difícil afirmar que conserva alguns dels elements arquitectònics originals.