L’església de Sant Cristòfol de Peramea apareix referenciada, probablement, l’any 1098, en la donació que fa Pere Ramon de Sersui al monestir de Gerri, de les dues parts del delme que posseïa a la vila de Santa Coloma, un dels límits de la qual és l’església de Sant Cristòfol. En la butlla del papa Alexandre III, del 1164, de confirmació dels béns del monestir de Gerri, s’inclouen les esglésies de Sant Joan i Sant Cristòfol de Peramea.
L’església de Sant Cristòfol va perdre la seva rellevància a partir de l’any 1398, en què els homes de Peramea ampliaren l’església de Sant Joan, i hi traslladaren les relíquies i els ornaments que hi havia a l’església de Sant Cristòfol. En aquest moment perdé la seva titularitat, que passà a l’església de Sant Joan, dedicada a partir d’aleshores a sant Cristòfol.
No sabem quin podia ésser l’emplaçament de la primitiva església de Sant Cristòfol, que en el document del 1398 es fa constar que era massa allunyada del poble.
A partir d’aquestes dades creiem que Sant Joan era l’església parroquial de la vila de Peramea, mentre que l’església de Sant Cristòfol, que no gaudiria d’aquesta categoria, era, tanmateix, o havia estat, un temple amb certa devoció.
Aquests fets —el seu emplaçament i no gaudir de categoria parroquial (almenys el. 1398)— i també que Sant Cristòfol de Peramea fos l’única església que en la butlla del 1164 aparegués amb aquest titular, fa pensar que l’església de Sant Cristòfol de Peramea podria identificar-se amb l’església de Sant Cristòfol de Sarnui, documentada des del segle X. L’any 949 es consagrà l’església de Sant Pere de Sestui —situada al pla de Corts— i el comte Guillem, present en l’acte, la dotà amb l’església de Sant Cristòfol situada “in terminum de Chastro Ermedi —situat al terme de Peramea—, et est fundata ipsa ecclesia in villa Sarnui”.