La identificació proposada per Ramon d’Abadal del topònim Cartonise que surt esmentat l’any 807 en l’acta de fundació de Gerri ha portat a confondre un suposat castell de Cartanís amb els castells de Cortscastell i de Montcortès. Estudis més recents permeten assegurar que hi havia simultàniament els castells de Cartanís, de Cortscastell i de Montcortès.
Sobre el castell de Montcortès en concret, la primera notícia és d’avançat el segle XI. Aquest castell devia exercir el seu domini sobre bona part del pla de Corts i la vall d’Ancs, i sobre altres terres de l’abadia de Gerri. La seva possessió fou disputada entre els comtes de Pallars Sobirà i els abats de Gerri. Això explica que l’any 1076 Artau I restituís a l’abat Arnau de Gerri els castells de Montcortès amb totes les esglésies i feus que hi havia des del riu Noguera fins a la coma d’Arts, tal com ho havia posseït l’abat Bernat en vida de la seva mare, la comtessa Guillema, establint que els castlans dels castells de Montcortès, Peramea. Bresca i Baén els posseïssin en nom dels abats de Gerri. L’any 1082 donà a Gerri la meitat dels lexivos de Corts.
Montcortès, però, degué continuar sota l’òrbita del comte de Pallars Sobirà: entre el 1094 i el 1110 el lloc fou escollit pel comte Artau II per a pactar una convinença amb un tal Roger Bernat; l’any 1120 els castells de Montcortès i Peramea ja havien estat infeudats pel comte Artau a Tedball de Vallferrera, quan aquest, en el seu testament, els separà de la resta del patrimoni, que cedí al seu fill Tedball perquè ho tingués en servei del comte.
En reprendre’s la guerra contra Hug Roger III l’any 1484, el rei Ferran el Catòlic escrigué al comte de Cardona perquè prengués les fortaleses de Senterada, Espluga de Serra, Montcortès i altres. L’any 1632 Montcortès figura encara entre els dominis del duc de Cardona.
El castell de Montcortès sembla que s’ha d’identificar amb el vell casal conegut com la Rectoria, que s’alça en un turó enmig de la població.