El lloc de Capdestany és situat en una posició eminent sobre un turó que domina l’estany de Montcortès, i l’únic esment que en coneixem és de l’any 1082, en què el comte Artau, juntament amb l’abat Ponç de Gerri, fan una carta o contracte amb els colons que hi ha d’Arboló a Rialb, i de Capristano a Llacunes, perquè plantin vinyes o arbres.
No es coneixen notícies medievals sobre la seva església. Almenys des del segle XIX era sufragània de l’església de Montcortès.