Desconeixem l’indret on era situada aquesta església, de la qual tenim referències gràcies al document del 1049 en què el comte Artau I vengué el castell d’Arcalís a Brocard, fill del vescomte Guillem, on l’església de Sant Joan de Sus apareix com una de les afrontacions territorials, per l’oest, d’aquest castell, després de passar el riu Noguera, venint del castell d’Arboló. Poc temps després, el 1054, el mateix Brocard donava el castell d’Arcalís a la canònica de Santa Maria de la Seu, i un cop més, l’església de Sant Joan de Sus era un dels límits, per l’oest, de l’alou objecte de la donació.