L’any 935, en la cessió d’una propietat situada al terme de Pallerols s’esmenta, com a límit, entre d’altres, l’església de Santa Creu. Altres esments del lloc són del 1030, en la venda del llogaret de Tridigueres, a la vall de Castellbò, al terme de Santa Creu; i del 1074 en la donació d’un alou situat al terme de Santa Creu, de Sant Iscle i a l’obac de la Laguna, a la vall de Castellbò, i que, per una part, limiten amb el riu de Tridigueres. En l’acta de consagració de la Seu d’Urgell, també apareix la parròquia de Santa Creu.
El lloc pertanyia al vescomtat de Castellbò, i era inclòs al quarter de Castellbò. En el Spill… de l’any 1519, consta que hi havia una carlania detenida per Salvador Tragó.
L’església, que apareix en el document del 935, consta en la relació d’esglésies visitades, els anys 1312 i 1314, pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, com també en el llibre de la dècima de la diòcesi d’Urgell del 1391, dins del deganat d’Urgellet, amb la indicació del seu rector, Antoni Roquer. L’església de Santa Creu ha tingut, tradicionalment, com a sufragània la de Sant Sadurní de Seix; l’any 1758 consta també com a sufragània la de Sant Andreu i l’any 1904 se li agregà l’església d’Albet. Actualment Santa Creu depèn de la parròquia de Castellbò.