Malgrat els vestigis arquitectònics que resten de l’antic santuari i les fotografies que se’n conserven del començament del segle, abans del seu enrunament, no es pot dir, amb tota seguretat, que es tracta de vestigis d’un edifici de factura medieval; es pot suposar que els seus orígens eren alt-medïevals, tot i que la documentació de l’època aporta escasses dades sobre aquest santuari hospital. La referència més vella que se li atribueix és el testament del 994 del vescomte Guillem, senyor de Castellbò, quan fa un llegat a l’església de Sant Joan “qui est in Castro Leoni…”; bé podria referir-se a Sant Joan de l’Erm.
Una tradició erudita pretén que l’any 1208 el vescomte de Castellbò, Arnau, hi portà el Sant Graal, que abans es guardava a Besiers. Pels seus peus passava el camí ral que unia l’Alt Urgell amb el Pallars Sobirà, motiu pel qual es convertí en santuari hospital. En el Spill… del vescomtat de Castellbò, del principi del segle XVI, l’església de Sant Joan de l’Erm s’esmenta com a límit del terme de la Ribalera amb el de la vall de Castellbò, tots dos termes sota la jurisdicció del vescomte de Castellbò, restant l’església dins del terme de Ribalera. Fins a la seva destrucció continuà amb la funció d’hospital i lloc d’acolliment; se n’encarregaven als segles medievals uns sacerdots i donats, i darrerament, una família d’ermitans. L’any 1758, el santuari depenia de Sant Esteve de Montemartró, i tenia, a més del principal, 4 altars i sepultura dins l’església. El santuari era administrat pel cabiscol de la col·legiata de Castellbò i el batlle i regidors de la vila. Va incendiar-se intencionadament pel desembre del 1936 i es va reconstruir el 1959, al vessant que mira a Castellbò; les ruïnes de l’antic són a uns 4 km de distància al vessant de la Ribalera.