El lloc de Canals apareix documentat per primera vegada l’any 1083, en què el comte Artau l vengué al monestir de Gerri la vila de Canals, amb el seu cens. La vinculació de Canals amb el monestir de Gerri és manifesta l’any 1084, quan Adaltrud, muller d’Isarn Tàtila, donà al monestir una terra i una vinya a l’Espluga de Segur i un moltó a Canals. En la butlla del 1164 del papa Alexandre III, es confirma la possessió de la vila de Canals per part del monestir.
Canals fou un dels llocs de l’abadiat de Gerri motiu de conflictes entre els abats i els comtes de Pallars, que es resolgueren amb l’anomenat pariatge del 1368, a partir del qual la jurisdicció i les rendes derivades del mer i mixt imperi del lloc de Canals restaven communiter et pro indiviso entre ambdós senyors. En el fogatjament fet després del pariatge, consta que Gerri hi tenia dos focs.
Aquesta jurisdicció per part del monestir es va modificar l’any 1425, quan l’abat Pasqual de Cuberes vengué al comte Joan I de Foix, vescomte de Castellbò, la quarta part del mer i mixt imperi d’alguns llocs del monestir, entre els quals figura Canals. Aquesta venda no es pogué fer efectiva fins al final de segle. El 1427, el lloc de Canals, entre d’altres, fou un dels llocs del monestir implicats en el procés entre l’abat Pasqual de Cuberes i el comte Arnau Roger IV, per la seva intervenció violenta arran de l’embargament reial dels llocs de l’abadiat de Gerri.
L’església parroquial de Santa Eulàlia de Canals apareix vinculada amb la vila, en la donació i venda del 1083 que feu el comte Artau I a favor del monestir, que incloïa a més de tota la parròquia, els delmes, les primícies i les oblacions. En una data anterior, entre el 1017 i el 1035, la parròquia de Canals és esmentada en el document conegut com a fals XI de Gerri, on el comte Guillem restitueix una sèrie de béns al monestir de Gerri, entre ells “ipsas parrochias de Canalibus”.
La vinculació amb Gerri es manifesta en la butlla del papa Alexandre III del 1164, on entre els béns confirmats al monestir figura “ecclesiam Sancte Eulalie de Canalibus cum villa et omnibus ad eam pertinentibus”. Aquesta vinculació degué perdurar fins a l’extinció del domini del monestir, car la parròquia de Canals no figura en les relacions de les visites del bisbat d’Urgell. L’any 1904 aquesta parròquia fou segregada de la de Pujol i agregada a la parròquia de Peracalç.