El lloc de Cuberes és esmentat entre els anys 1048 i 1050, en què el comte Artau I i la seva esposa Constança donaren al monestir de Gerri el castell de Cuberes amb els seus homes i termes.
L’església de Santa Maria de Cuberes apareix documentada l’any 1105, com a església restituïda al monestir de Gerri pel bisbe Ot d’Urgell, possessió que és confirmada el 1164 en la butlla del papa Alexandre III.
Santa Maria de Cuberes ha estat identificada amb l’actual santuari de la Mare de Déu d’Espià.