Aquesta església, que encara avui té culte com a parròquia, tot i que supeditada a la de Noves de Segre, és documentada des d’antic encara que l’edifici actual respon a una construcció moderna. No hi ha vestigis de l’església consagrada pel bisbe d’Urgell, Nantigís, a precs del prevere Adeudat, que havia reconstruït i engradit l’edifici antic, i construït de nou un campanar. La notícia queda recollida en el trasllat del segle XI del testament d’Adeudat, del 8 de maig del 901, on prega als preveres Elet i Volfi i als seus germans Andalec i Dacolina que dotin l’església de Sant Fruitós amb un seguit de terres, cases, llibres i ornaments especificats en el document. Després de la seva consagració, l’església de Sant Fruitós no figura en cap més document. No és el cas de la parròquia, esmentada en el document de l’acta de consagració de la Seu d’Urgell amb la grafia Eguils, i en la notícia de les parròquies que l’any 1046 Arnau Mir de Tost posseïa en feu de l’església d’Urgell, on figura la parròquia d’Egils donada pel bisbe Eribau. El capellà de la parròquia apareix en la relació de la dècima del 1279 i del 1280 i en el llibre de les dècimes del 1391 (capellà d’Eguills o Gils), i és inclòs dins del deganat d’Urgellet del bisbat d’Urgell. El lloc d’Equiles apareix esmentat en l’acta de consagració de l’església del monestir de Santa Cecília d’Elins del 1080. En el Spill… del vescomtat de Castellbò, redactat l’any 1519, queda recollida l’adscripció del terme de Guils al primer quarter de Castellbò, a la batllia de Guils, que comprenia, a més del lloc de Guils, cap de la batllia, els pobles de Vila-rubla i Solans i els despoblats de Rocamora i Sant Magí.