El lloc de Vilamitjana és esmentat documentalment a la darreria del segle X, en una acta testamentària datada el 999 per la qual el testador, un personatge dit Miró, llegà a Santa Maria de la Seu i al monestir de Santa Cecília d’Elins una vinya i una peça de terra, respectivament, totes dues situades al terme de Villa Migana.
D’altra banda, són força nombroses les referències documentals al llarg del segle XI, on s’esmenta, per una o altra causa, l’església parroquial de la vila, dedicada des d’antic a santa Coloma. En la seva major part es tracta de cartes de donació expedides per habitants de la contrada, els quals cedeixen a Santa Maria de la Seu alous, vinyes, cases i altres possessions situades “in apendicio de Sancta Columba… in Villa Migana”, i encara que amb menys freqüència, es troben escriptures de venda de propietats en aquest indret efectuades entre particulars.
La parròquia de Vilamediana és mencionada també en l’acta de consagració de Santa Maria de la Seu. Més tard, un document datat entre els anys 1060 i 1108, informa de la venda que el vescomte Ramon Miró d’Urgell i la seva esposa Ermessenda feren a Pere, consistent en diversos alous que posseïen a la vall de Castellbò pel preu de dotze unces; un d’aquests alous era situat al terme parroquial de Santa Coloma.
Una notícia relacionada directament amb aquesta església és proporcionada per la publicació sacramental d’un testament atorgat l’any 1064 per un tal Guillem, el qual, segons l’escriptura, llegà a Sancta Columba de Vilamigana una unça d’or per a les obres del temple.
Segons es dedueix d’un capbreu confeccionat l’any 1378 per la comanda de Susterris, aquest establiment religiós posseí propietats considerables a Vilamitjana, consistents bàsicament en homes propis i béns immobles. A la darreria d’aquesta centúria, en les relacions de la dècima de la diòcesi d’Urgell de l’any 1391, consta la contribució que pel dit impost van satisfer el capellà i l’síafor d’aquesta parròquia.
El lloc de Vilamitjana estigué inclòs durant l’edat mitjana dins l’extensa jurisdicció territorial dels vescomtes de Castellbò.