A través del cartoral de Lavaix s’han conservat dos documents, datats els mesos d’abril i maig de l’any 898, relatius a dues vendes fetes a favor del prevere Lodeguer de terres situades al lloc de Palaz. De la mateixa època es conserva un document conegut com a fals de ll Bellera en què el prevere Lodeguer donava al monestir de Sant Genís de Bellera la vila de Palace i la seva església dedicada a sant Joan. Els límits d’aquesta donació eren, pel nord, el lloc de Morino fins al riu Noguera, i del riu de Cobes a Catolla i Riba rubea.
En sentit contrari, la documentació del monestir de Santa Maria de Gerri indica la pertinença de l’església de Sant Joan de Palau a aquest cenobi, adscripció que devia ser en un primer moment conflictiva, ja que Sant Joan de Palau apareix en dos dels documents falsos de Gerri, els coneguts com a fals de Gerri X i fals de Gerri XI. En el primer, Amància, amb el consentiment del seu marit Berenguer, feia donació a l’abat Guadamar d’un seguit de béns, entre els quals figurava un alou a Palaz, amb la seva església dedicada a sant Joan, amb els delmes, les primícies, els censos i els serveis; en el segon es fa una relació de béns pretesament restituïts al monestir pels comtes de Pallars, entre els quals apareix esmentat un alou a Palatio.
L’any 1138 l’abat de Gerri reclamava al tribunal comtal la coromina de “Sancti lohannis de Palatio”, que li havia estat usurpada pels germans Claverol. L’any 1150 s’arribà a un acord entre l’abat i Alegret de Claverol pel qual aquest li retornava la vila d’Useu i, en compensació, l’abat li donava una terra al lloc de Palau. La possessió per part de Gerri de l’església de Sant Joan de Palau fou confirmada en la butlla del papa Alexandre III, del 1164. Aquestes notícies han estat estudiades per l’historiador Ignasi M. Puig i Ferreté, que identifica aquest lloc amb el de Palau de Noguera, diferenciant-lo del lloc de Palau del terme de Peramea.
Tanmateix, i en contraposició a les notícies anteriors, consta que l’any 1161 el comte Arnau Mir i la seva muller donaren a l’orde de l’Hospital l’església del lloc de Palau; més concretament, autoritzaren a l’orde a construir una nova església. A partir d’aquest moment, i segons Miret i Sans, el lloc quedà adscrit a la comanda de Susterris.
El mateix comte, l’any 1168, eximí de censos, usatges i altres serveis a qui vinguessin a poblar el lloc, conegut com a Vilanova de Pallars, i declarà que no estarien obligats a reconèixer el senyor de Talarn, sinó el comte o el seu batlle. Així mateix, disposà que totes les honors que el monestir de Mur i altres esglésies posseïssin en el terme de Vilanova de Pallars fossin lliures de tributs, disposició que confirmà en el seu testament tancat l’any 1171.
En una data desconeguda del segle XIV, el comanador de Susterris va erigir a l’església parroquial de Palau un priorat de l’orde de Sant Joan, on van anar a residir els preveres de Susterris; aquests, almenys el 1436, estaven obligats a celebrar una missa dominical a l’església de Sant Joan de Susterris.
La seva dependència de la comanda hospitalera explicaria que no aparegui en les relacions d’esglésies del deganat o ardiaconat de Tremp visitades pels delegats dels bisbes d’Urgell, o en els llistats de pagament de la dècima. Vers l’any 1526 el priorat de Sant Joan del lloc de Palau era regit per Pere Palau, i estava adscrit a l’oficialat de Tremp. Aquesta dependència de Palau a l’orde dels hospitalers perdurà fins el 1831. Actualment és cap de demarcació parroquial.