Els orígens de les actuals drassanes es remunten al segle XIII, quan el rei Pere II el Gran les féu construir extramurs, al final de la Rambla. Anteriorment n’hi havia unes altres prop del castell del Regomir, però a partir del 1255 foren gairebé inutilitzades.
Així doncs, amb l’ajuda de la ciutat i la col·laboració de la Generalitat el rei Pere II ordenà la construcció d’un edifici de cos rectangular tancat per totes les cares menys per la que donava al mar.
El 1322, que regnava Alfons el Benigne, s’inicià la coberta, i les despeses se sufragaren amb els diners de les multes imposades a aquells que comerciaven amb Orient, atès que aquest comerç era totalment prohibit.
Amb el rei Pere el Cerimoniós s’endegaren de nou les obres de les drassanes, tot i que amb dificultats. Sembla que les obres s’aturaren el 1348. El 1373 el rei Pere proposà una nova localització per a les drassanes a l’anomenat Pla d’en Llull al barri de la Ribera. Aquesta idea fou refusada pels consellers de la ciutat i les obres es continuaren al mateix indret.
Amb tot, el 1376 l’estat de les drassanes no havia millorat gaire. El 1378 fou necessària la intervenció del consell de la ciutat per tal de fer la coberta i reparar les drassanes, i finalment s’hi destinaren els diners de l’impost exigit per a la construcció de la Llotja. A la mort de Pere el Cerimoniós només s’havia construït la meitat de la coberta, però s’ampliaren els porxos de llevant i de ponent, els quals esdevingueren sales de les vuit grans naus paral·leles.
El 1390 el rei Joan convingué amb els consellers de la ciutat un acord per tal d’ampliar i acabar les obres de les drassanes. Quan morí el rei Martí les drassanes deixaren d’ésser reials i passaren a càrrec de la ciutat, i el 1470 al Consolat de Mar. A partir del final del segle XVI esdevingueren propietat de la Generalitat. En aquest moment, entre els anys 1612 i 1618, s’ampliaren amb tres naus al costat de la Rambla. Poc temps després, el 1620, foren construïdes vuit naus més sobre el pati primitiu i unes altres de laterals més petites. El 1663, a conseqüència de la guerra dels Segadors, les drassanes passaren a mans de la corona espanyola i esdevingueren un baluard militar.
Al segle XVIII les dues naus centrals passaren a ser-ne una de sola. El 1792 les drassanes foren cedides a l’exèrcit d’artilleria, el qual edificà una caserna, obra de l’enginyer militar A. López Sopeña, utilitzada com a tal fins el 1936, que foren retornades a la ciutat.
Una vegada enderrocades les casernes foren restaurades per la Diputació i el 1941 s’hi instal·là el Museu Marítim de la ciutat, iniciat amb fons recollits per la Generalitat de Catalunya abans de l’any 1939.
De les antigues drassanes encara es conserva una bona part de l’edifici: les deu naus, dues de les torres, una part de la muralla, i el portal de les Drassanes o de Santa Madrona.