Aquest castell fou bastit com a defensa del portal occidental de la muralla romana que envoltava Barcelona, prop del call o barri jueu.
Els seus orígens són incerts, per bé que una hipòtesi generalitzada n’atribueix la construcció a Borrell II o al seu fill, feta sobre les ruïnes d’alguna edificació romana, després de la desfeta davant d’Almansor, per tal de reforçar les defenses de la ciutat. De fet, segons el cronista Pujades, al segle XVII era conegut com a castell d’Hèrcules i posteriorment, al segle XVIII, s’anomenava Torres de Cató i dels Escipions.
Amb tot, les primeres notícies ja són del 1021. Entre el 1039 i el 1049 apareix un document on Oliba Mir jurà fidelitat al comte Ramon Berenguer I pel Castell Nou de Barcelona. Vers aquestes dates el mateix comte estableix en aquest castell a Amat Eldric, el primer senescal conegut.
El 1058 Mir Oliba, fill d’Oliba Mir, vengué als comtes de Barcelona un alou situat davant del Castell Nou. El 1060 es féu un conveni entre els comtes i Ramon Mir d’Aguda per diversos castells, entre els quals hi havia el Castell Nou de Barcelona.
Entre el 1066 i el 1071 els comtes de Barcelona donaren el Castell Nou i altres fortificacions amb la senescalía a Pere, fill d’Amat Eldric, menor d’edat, per la qual cosa els comtes hagueren d’encomanar aquest castell al suposadament avi de Pere, anomenat Ramon Mir.
Entre el 1115 i el 1119 el comte Ramon Berenguer III cedí l’honor del Castell Nou de Barcelona a Ramon Renard de la Roca i al seu fill. El 1119 el tenia com a feudatari un home sòlid de Ramon Renard anomenat Berenguer Bernat, que posseïa també el castell del Port. El 1121 Berenguer jurà fidelitat al comte de Barcelona per diversos castells entre els quals constava el Castell Nou de Barcelona.
El Castell Nou fou utilitzat com a presó al llarg del segle XIV. Al segle XV, i a conseqüència de la destrucció del barri jueu, el Castell Nou es trobava en una situació força precària. Al segle XVI els consellers de la ciutat decidiren d’enderrocar-ne una part després de l’esdeveniment luctuós produït arran de la caiguda d’un tros. Al final del segle XVIII es començà l’enderrocament total de l’edificació, i en el seu lloc es construí una casa de pisos. El 1801 desaparegué definitivament quan es regularitzà el trànsit pel carrer de la Boqueria.