La vall d’Horta —Orta en els documents medievals—, situada en un bell i fèrtil paratge del NE de la ciutat, entre la serralada de Collserola, el turó de la Peira i els serrats de la Rovira, s’esmenta, per primera vegada, l’any 965; es tracta d’una escriptura de donació atorgada per Ataülf, levita, i els preveres Guifré i Joan, a favor de l’església de Sant Miquel de Barcelona, al terme de Selvià, in valle Orta.
Els documents del segle XI, a més, esmenten un petit nucli de població, d’origen probablement ben antic; efectivament, l’any 1050, un conjunt de béns —cases, terres, vinyes, un verger, garrigues i terrenys de pastura— confronten a ponent “in ipsis arenis que tendunt a ‘villa Orta’ usque ad ipsum mare que discurrunt tempore pluviarum”, i l’any 1062, unes terres, vinyes i cases de Romanet —als vessants de l’actual Turó Blau— limiten a llevant “in via qua itur de ‘villula cui nomen Orta’ ad ecclesiam Sancti Andree”, i a ponent “in rívo de Orta” —la riera d’Horta.
El terme d’Horta, de la riquesa agrícola del qual en tenim bona prova en l’existència d’una mesura de capacitat pròpia, el sexter d’Horta, formà part, d’ençà del segle XI, de la parròquia de Sant Andreu de Palomar. Anotem com a exemple la venda, l’any 1052, d’unes feixes de terra “al territori de Barcelona, parròquia de Sant Andreu, al terme d’Horta, al lloc dit Camp Amar”; i per veure la continuïtat d’aquesta dependència esmentem la donació que féu Guillem Ramon a favor del ciutadà barceloní Guillem Grony l’any 1194, del cens, senyoratge, domini i altres drets posseïts sobre els masos de Pere d’Horta, mariner, de Berenguer de Riera i de l’esposa de Ramon de Narbona, situats a la parròquia de Sant Andreu, al terme d’Horta, o, ja en el segle XIII, la venda que feren Ramon Corretger i esposa, Gaudíosa, l’any 1204, d’un mas a la parròquia de Sant Andreu, a Sant Joan d’Horta, a favor de Ramon Ferrer de Mar.
La primera referència a l’església de Sant Joan data del 1095: una capella que formava part de les dependències de la casa o torre d’Horta, propietat d’un dels llinatges més importants de la contrada, els “Horta”. L’església i la vall d’Horta foren motiu de conflicte, durant el primer terç del segle XIII, entre les parròquies de Sant Genis dels Agudells i de Sant Andreu de Palomar, fins que el 1260 la capella de Sant Joan es convertí en parròquia sufragània de Sant Genis, però no així el conjunt de la vall que, en bona part, continuà dins el terme de Sant Andreu i sota el domini de la pabordia del mes de setembre de la catedral de Barcelona.
Les visites pastorals i els fogatges del segle XIV demostren la singularitat de la parròquia de Sant Joan, a més de l’estreta dependència de la capella respecte de la torre d’Horta: només sis focs el 1358, només dues famílíes parroquianes en una visita del 1366, cap foc en el fogatge del 1360, set focs en el del 1374, i cap en els del 1378 i el 1381.
El creixement d’Horta durant el segle XVIII i la primeria del segle XIX provocà la necessitat de convertir Sant Joan en parròquia independent de la de Sant Genis. Això es produí el 1835; però, encara més, el 1867 la mateixa església de Sant Genis passava a ser sufragània de la d’Horta.
Al principi del segle XX, i davant la impossibilitat d’atendre una població cada cop més nombrosa, especialment per la banda meridional del terme, es construí una nova església parroquial i desaparegué l’antiga, de la qual no queda cap resta visible.