Els bacteris es classifiquen en diverses categories taxonòmiques segons una gran varietat de característiques. Aquestes característiques inclouen bàsicament criteris morfològics, com la forma, les dimensions i la presència d’elements facultatius; tintorials, com per exemple el fet de poder ésser tenyides amb el mètode de tinció Gram —la qual cosa permet la diferenciació de bacteris grampositius i gramnegatius—; fisiologies, com el fet de requerir oxigen o no per al seu creixement —cosa que permet de diferenciar respectivament els bacteris aerobis i els anaerobis; nutricionals; bioquímics, com ara característiques dels enzims que posseeixen, o de sensibilitat envers diversos tipus d’antibiòtics.
Les categories taxonòmiques del regne procariota, al qual pertanyen totes les espècies de bacteris, inclouen bàsicament, en ordre decreixent, les divisions, les classes, els ordres, les famílies, els gèneres i les espècies. Així, cadascuna de les espècies de bacteris, com per exemple l’anomenat Leptospira interrogans, es classifica dins un gènere, en aquest cas el dels Leptospira, que al seu torn forma part d’una família, la dels Leptospiracidae, inclosa dins un ordre, Spirochaetales, que s’integra en una classe, Scotobacteria, que al seu torn pertany a una divisió, la dels Gracilicutes.
En l’actualitat, la classificació dels bacteris s’ha sistematitzat i simplificat agrupant-los en una sèrie de seccions que comprenen diversos tipus de gèneres que comparteixen entre ells algunes característiques morfològiques i de tinció, i alguns requeriments metabòlics o dels òrgans de l’organisme humà en què es poden assentar. Simplificant encara més aquesta classificació es poden obtenir, molt esquemàticament, nou seccions formades per diversos gèneres de bacteris.
En la secció I s’inclouen els cocs grampositius aerobis i anaerobis, és a dir, els bacteris que tenen una forma esfèrica, que poden ésser tenyits amb el mètode de tinció Gram i que poden o no necessitar oxigen per a desenvolupar-se. Entre els gèneres més importants d’aquesta secció cal destacar el dels Staphilococcus o estafilococs, i el dels Streptococcus o estreptococs. Aquests darrers es classifiquen en diversos grups segons les propietats immunològiques que presenten, concretament en els grups A, B, C, D, G i F, alguns dels quals coincideixen amb determinades espècies d’estreptococs. Així, l’anomenat estreptococ betahemolític del grup A correspon a l’espècie Streptococcus pyogens; l’anomenat estreptococ betahemolític del grup B correspon a l’espècie Streptococcus agalactiae.
En la secció II hom inclou els cocs gramnegatius anaerobis, és a dir, els bacteris de forma arrodonida que no es tenyeixen amb el mètode Gram i que requereixen absència d’oxigen per a reproduir-se.
| secció | gènere | espècie | sinònims | malalties més importants |
|---|---|---|---|---|
| I | Staphilococcus | S. aureus | estafilococ daurat | furunculosi, gastroenteritis, septicèmia, osteomielitis |
| S. epidermis | estafilococ blanc | infeccions urinàries, septicèmia, endocarditis | ||
| Streptococcus | S. pyogens | estreptococ betahemolític del grup A | erisipela, escarlatina, amigdalitis, septicèmia, impetigen, febre reumàtica, glomerulonefritis aguda | |
| S. agalactiae | estreptococ betahemolític del grup B | meningitis del nounat, septicèmia puerperal | ||
| S. pneumoniae | pneumococ | pneumònia, otitis, septicèmia, meningitis, peritonitis | ||
| S. faecalis | estreptococ del grup D | endocarditis, abscessos | ||
| S. viridans (grup) | estreptococ alfahemolític | endocarditis bacteriana, infeccions cutànies | ||
| II | Neisseria | N. gonorrhoeae | gonococ | gonorrea o blennorràgia |
| N. meningitidis | meningococ | septicèmia, meningitis | ||
| Moraxella | M. lacunata | conjuntivitis | ||
| III | Escherichia | E. coli | colibacil | gastroenteritis, infeccions urinàries, septicèmia, meningitis, pneumònia |
| Citrobacter | C. freundii | Escherichia freundii | infeccions urinàries, septicèmia | |
| Salmonella | S. typhi | bacil tífic o bacil d’Eberth | febre tifoide | |
| S. paratyphi A | bacil paratífic A | febre paratifoide A | ||
| S. schottmuelleri | bacil paratífic B | febre paratifoide B | ||
| S. typhimurium | salmonel·losi, gastroenteritis, sèpsia | |||
| S. cholera-suis | ídem | |||
| S. enteritis | ídem | |||
| Shigella | S. dysenteriae | bacil disentèric o bacil de gastroenteritis aguda | disenteria bacil·lar, de Shiga | |
| S. flexneri | bacil de Flexner | ídem | ||
| S. boydii | ídem | |||
| S. sonnei | bacil de Sonne | ídem | ||
| Klebsiella | K. pneumoniae | pneumobacil o bacil de Friedlànder | pneumònia, infeccions urinàries, septicèmia, meningitis | |
| K. ozaenae | bacil de l’ozena | ozena | ||
| K. rhinoescleromatis | rinoscleroma | |||
| Enterobacter | E. cloacae | Aerobacter cloacae | infeccions urinàries, septicèmia | |
| E. aerogenes | Aerobacter aerogenes | ídem | ||
| Serratia | S. marcescens | Bacillus marcescens | infeccions urinàries, septicèmia | |
| Proteus | P. mirabilis | infeccions urinàries, septicèmia, infeccions en ferides i cremades | ||
| P. vulgaris | ídem | |||
| Morganella | M. smorganii | ídem | ||
| Providentia | P. rettgeri | ídem | ||
| Yersinia | Y. pestis | Pasteurella pestis | pesta | |
| Y. enterocolítica | diarrea | |||
| IV | Vibrio | V. choleare | vibrió del còlera | còlera |
| Haemophilus | H. influenzae | bacil de Pfeiffer | laringitis, sinusitis, meningitis | |
| H. ducreyi | bacil de Ducrey | xancre tou | ||
| Streptobacillus | S. moniliformis | Actinobacillus muris | febre per mossegada de rata | |
| Calymmatobacterium | C. granulomatis | Donnouania granulomatis | granuloma inguinal | |
| Pseudomona | P. aeruginosa | bacil piociànic | infeccions urinàries, otitis, septicèmia, infeccions en cremades i ferides, abscessos | |
| Brucella | B. melitensis | brucel·losi | ||
| B. abortus | ídem | |||
| B. suis | ídem | |||
| Bordetella | B. pertussis | Haemophilus pertussis o bacil de Bordet-Gengou | tos ferina | |
| Francisella | F. tularensis | Pasteurella tularensis | tularèmia | |
| V | Bacteroides | B. fragilis | Bacillus fragilis | apendicitis, peritonitis, septicèmia, infeccions i abscessos en teixits interns |
| B. melaninogenicus | ídem | |||
| Fusobacterium | F. nucleatum | Bacillus fusiformis | infeccions bucals, respiratòries i de pleures | |
| VI | Bacillus | B. anthracis | Bacteridia carbuncosa | carboncle |
| Clostridium | C. tetani | bacil de Nicolaier | tètan | |
| C. botulinum | bacil botulínic | botulisme | ||
| C. perfringens | C. welchii | gangrena gasosa, septicèmia | ||
| Listeria | L monocytogenes | listeriosi | ||
| Corynebacterium | C. diftariae | bacil de Klebs-Löffer | diftèria | |
| VII | Mycobacterium | M. tuberculosis | bacil de Koch | tuberculosi |
| M. bovis | M. tuberculosis bovis | tuberculosi d’origen boví | ||
| M. africanum | tuberculosi africana i tropical | |||
| M. leprae | bacil de Hansen | lepra | ||
| Actinomyces | A. israelii | Streptothrix israelii | actinomicosi | |
| A. naeslundii | ídem | |||
| Nocardia | N. asteroides | Streptothrix asteroides | nocardiosi | |
| VIII | Treponema | T. pallidum | espiroqueta de Schaudinn | sífilis o lues |
| T. pertenue | pian o frambèsia | |||
| T. carateum | pinta, carate | |||
| Borrelia | B. recurrentis | espiroqueta d’Obermeier | febre recurrent europea | |
| B. hispànica | febre recurrent espanyola | |||
| B. burgdorferi | malaltia de Lyme | |||
| Leptospira | L interrogans | leptospirosi | ||
| Spirillum | S. minor | febre per mossegada de rata | ||
| Campylobacter | C. fetus | vibrió del fetus | enteritis, septicèmia, endocarditis | |
| Helicobacter | H. pilori | gastritis, úlcera | ||
| IX | Rickettsia | R. prowazekii | tifus exantemàtic històric | |
| R. typhi | tifus endèmic murí | |||
| R. ricketsii | febre exantemàtica de les muntanyes Rocalloses | |||
| R. conorii | febre botonosa o exantemàtica mediterrània | |||
| R. australis | tifus de Qeensland | |||
| R. tsutsugamushi | tsutsugamushi | |||
| Coxiella burnetti | febre Q | |||
| Bartonella | B. bacilliformis | berruga peruana o malaltia de Carrión | ||
| Chlamydia | C. trachomatis | Rickettsia trachomatis | tracoma, limfogranuloma veneri, uretritis, infeccions rectals | |
| C. psittaci | Rickettsia psittaci | psitacosi o ornitosi | ||
| Mycoplasma | M. pneumoniae | agent d’Eaton | pneumònia atípica | |
| M. hominis | infeccions genitals |
En la secció IIl s’inclouen els enterobacteris, que s’assenten en les mucoses intestinals, molts d’ells formant part de la flora intestinal normal.
En la secció IV hom inclou els bacils gramnegatius anaerobis facultatius, que no formen part dels enterobacteris, és a dir, els bacteris de forma allargada que no es tenyeixen amb el mètode de tinció Gram, que poden sobreviure en absència d’oxigen i que no s’assenten habitualment en l’intestí; i els bacils gramnegatius aerobis, és a dir, els bacteris de forma allargada que no es tenyeixen amb el mètode de tinció Gram i que requereixen necessàriament la presència d’oxigen per a desenvolupar-se.
En la secció V hi ha els bacils gramnegatius anaerobis: els bacteris de forma allargada que no es tenyeixen amb el mètode Gram i que no es poden desenvolupar en presència d’oxigen.
En la secció VI hom inclou els bacils grampositus, és a dir, els bacteris de forma allargada que es tenyeixen amb el mètode Gram.
La secció VII correspon a diversos gèneres de bacteris pertanyents a l’ordre dels Actinomycetales, que es consideren bacteris especials perquè es reprodueixen de manera molt lenta i, com els fongs, tenen tendència a produir filaments ramificats.
En la secció VIII es troben les espiroquetes i els espirils, és a dir, bacteris molt fins i allargats que s’enrotllen sobre ells mateixos en forma d’espiral.
La secció IX inclou les rickèttsies, les clamí dies i els micoplasmes, bacteris molt petits sense paret cel·lular, per bé que tenen lleus embolcalls que els separen de l’entorn, i que necessàriament han de penetrar a l’interior d’una cèl·lula —com els virus— per a poder reproduir-se.