Les malalties infeccioses s’estenen des del moment en què es produeix la infecció, encara que aquesta passi desapercebuda i en primera instància no es produeixin alteracions orgàniques evidents, fins que l’organisme recupera la seva normalitat. Esquemàticament, les malalties infeccioses es desenvolupen en tres fases o períodes: el d’incubació, el d’estat i el de convalescència.
El període d’incubació s’estén des que s’inicia la infecció, o eventualment després que els gèrmens passin la porta d’entrada, fins que s’evidencien les primeres manifestacions de la malaltia. Durant aquest lapse de temps, doncs, els gèrmens es reprodueixen i es preparen per a envair d’altres teixits.
El període d’estat s’estén des que les manifestacions es comencen a presentar fins que remeten. Durant l’inici del període d’estat, els gèrmens es continuen reproduint, i eventualment es disseminen per l’organisme fins que arriba l’anomenat període de crisi o lisi, habitualment de breu durada, en què les manifestacions del trastorn atenyen llur punt crític o màxim. Si les forces defensives de l’organisme s’imposen per sobre dels gèrmens després que s’hagi superat el període de lisi, els microorganismes comencen a ésser eliminats massivament i el procés infecciós comença a remetre.
El període de convalescència s’estén des que els gèrmens han estat eliminats de l’organisme, o si més no neutralitzats en la seva majoria, fins que el pacient es recupera completament de les alteracions i les lesions que els seus teixits han experimentat.
La durada del conjunt i de cada un d’aquests períodes depèn bàsicament del tipus de microorganisme i del procés infecciós de què es tracta, com també de la capacitat defensiva de l’organisme. Així, per exemple, un procés gripal, en condicions normals, té en general un període d’incubació d’entre 18 i 36 hores, un període d’estat d’uns 3 o 7 dies i un període de convalescència d’1 setmana o 2. Tanmateix, però, quan els gèrmens responsables de la grip són especialment virulents —com ara s’esdevé sovint en les grans epidèmies de grip—, o quan el trastorn incideix en una persona amb unes defenses no gaire eficaces, per exemple un malalt pulmonar crònic o una persona molt gran, el període d’incubació pot ésser més breu, i el d’estat i de convalescència solen ésser més extensos del que és normal.
D’altra banda, segons la durada, les malalties infeccioses tradicionalment són classificades en agudes, quan comprenen fins a quatre setmanes; subagudes, quan s’allarguen entre 4 i 10 setmanes, i cròniques, quan es mantenen més de deu setmanes. De totes maneres, aquesta diferenciació no pot ésser actualment tan categòrica perquè els tractaments moderns, emprats àmpliament, modifiquen de manera notable l’evolució espontània de la malaltia.