És anomenat hàbitat natural el lloc on els diversos microorganismes viuen normalment, com per exemple els sòls, l’aigua o l’organisme d’animals o de persones. Són anomenats font d’infecció els nínxols ecològics des dels quals els microorganismes i paràsits humans es propaguen cap a l’organisme humà, on provoquen una infecció. Generalment, l’hàbitat natural d’un germen constitueix alhora una font d’infecció.
En general les fonts d’infecció contenen un nombre elevat de microorganismes o paràsits de l’home, ja que disposen dels elements necessaris perquè s’hi reprodueixin amb facilitat i rapidesa. No obstant això, en alguns casos, les fonts d’infecció només constitueixen el reservori d’uns gèrmens determinats, en el qual aquests no es poden reproduir amb rapidesa, per bé que sobreviuen i conserven la seva capacitat d’infectar l’organisme humà.
Segons la localització, hom diferencia, esquemàticament, dos tipus de fonts d’infecció: les exògenes i les autògenes.
Les fonts d’infecció exògenes són aquelles que es localitzen fora de l’organisme de l’individu en el qual es desenvoluparà la infecció. Les fonts d’infecció exògenes inclouen els organismes d’altres éssers animals o humans i llurs secrecions, i qualsevol element que per alguna raó contingui un nombre elevat d’agents infecciosos o paràsits de l’home com, per exemple, l’aigua o els aliments, o bé estris d’ús comú o objectes de qualsevol tipus, que, en general, són anomenats fomites. D’altra banda, els reservoris, que acullen petites quantitats de microorganismes virulents, com s’esdevé eventualment amb els del sòl, les aigües, o els d’organismes i secrecions d’animals, s’inclouen també entre les fonts d’infecció exògenes.
Per contra, les fonts d’infecció autògenes són aquelles que es localitzen en la superfície o en l’interior de l’organisme del mateix individu on es desenvoluparà el procés infecciós. Les fonts d’infecció autògena, doncs, són bàsicament la pell i les mucoses de l’organisme humà, en les quals es troben la flora intestinal i la flora microbiana cutaneomucosa; d’altres gèrmens que transitòriament es poden establir en aquests teixits, sense ocasionar, en condicions normals, cap perjudici per a l’hoste; i els anomenats focus infecciosos, és a dir, lesions orgàniques que contenen gèrmens, com per exemple furóncols cutanis, càries dental o abscessos en qualsevol òrgan o teixit, des dels quals els microorganismes, en un moment determinat, es poden propagar a altres sectors de l’organisme.