És anomenat via de propagació o difusió el recorregut que efectuen els microorganismes després de passar la porta d’entrada. Les vies de propagació són immensament variables segons la localització de la porta d’entrada de la infecció i el tipus de microorganismes de què es tracta. N’hi ha, però, de molt característiques.
Una de les vies de propagació més importants és la determinada pels conductes i els òrgans a través dels quals els teixits orgànics comuniquen amb l’exterior o amb el tub digestiu. Així, per exemple, gèrmens que s’estableixen en la uretra poden avançar per aquest conducte fins a atènyer la bufeta urinària, els urèters o els ronyons; els que es localitzen en la mucosa vaginal poden passar a l’úter; els que es troben en la cavitat oral poden ingressar pels conductes salivals fins a arribar a les glàndules salivals, o els que s’implanten en la mucosa duodenal es poden precipitar cap als conductes pancreàtics i passar al pàncrees o penetrar en el colèdoc i atènyer el fetge o la vesícula biliar.
D’altra banda, nombrosos gèrmens tenen la capacitat de penetrar als teixits contigus. Així, per exemple, un procés infecciós que es localitza en la capa superficial de la pell pot, eventualment, comprometre els teixits profunds del derma, avançar cap al teixit cel·lular subcutani o fins i tot penetrar cap al teixit muscular i ossi. Així, també, un procés infecciós que es localitza en un òrgan intern, la vesícula biliar, per exemple, pot comprometre i travessar del tot la paret d’aquest òrgan, i infiltrar-se en teixits o òrgans propers, com el peritoneu o membrana que cobreix l’interior de la cavitat abdominal, el pàncrees o el múscul diafragmàtic.
Una altra via de propagació molt important és la mateixa sang, per la qual els gèrmens poden deixar-se arrossegar passivament des de la porta d’entrada fins a pràcticament qualsevol òrgan o teixit intern. Gràcies a aquesta via de propagació, alguns gèrmens, com per exemple els virus responsables de l’hepatitis A, contacten inicialment amb la mucosa digestiva i s’estableixen posteriorment en les cèl·lules hepàtiques; o com els meningococs, que s’implanten inicialment en la cavitat oral, poden ésser transportats fins a les meninges. Igualment, gràcies a aquesta via de propagació, els gèrmens que inicialment s’estableixen en la mateixa sang, com per exemple el protozou responsable del paludisme, es poden difondre a diversos teixits orgànics.
D’altres vies de propagació inclouen els vasos limfàtics, que drenen les partícules estranyes i els excessos de líquids dels teixits, i que menen els microorganismes que eventualment hi troben cap als ganglis limfàtics o la circulació venosa; o el líquid cefalorraquidi, que en condicions normals és completament asèptic, però que pot arribar a difondre microorganismes, per exemple, des de la medul·la espinal fins a l’encèfal.