A part les de sang i d’orina, per a la diagnosi etiològica de diverses malalties infeccioses se sol·liciten mostres d’altres líquids i secrecions orgàniques que, suposadament, pels símptomes i els signes, poden trobar-se infectats. Entre aquests líquids i aquestes secrecions, els que més sovint s’analitzen són les secrecions respiratòries, la matèria fecal, el líquid cefalorraquidi i les secrecions que drenen de lesions cutànies o mucoses.
L’anàlisi de les secrecions respiratòries se sol sol·licitar quan hom sospita l’existència d’un procés infecciós en les vies respiratòries inferiors, és a dir, tràquea, bronquis i teixit alveolar. En general, la mostra de secrecions respiratòries s’obté a partir de les expectoracions. Quan l’expectoració no és productiva, però, és a dir, quan no es produeixen esputs, hom sol recórrer a la introducció d’una sonda als bronquis amb la qual s’aspira una mostra de les secrecions de les mucoses. Si amb aquests procediments no s’obté una mostra adequada de secrecions, o si després de l’estudi es mantenen dubtes pel que fa a la diagnosi etiològica, hom pot també realitzar una biòpsia de teixit pulmonar, com es fa en alguns casos en què és difícil de detectar la presència dels microorganismes responsables per altres mitjans.
L’anàlisi de la matèria fecal se sol·licita per a la diagnosi etiològica d’algunes malalties infeccioses de la mucosa intestinal, quan hom sospita la presència de diversos microorganismes virulents, com els pertanyents als gèneres Salmonella o Shigella; o per a la diagnosi etiològica de les parasitosis intestinals, ja que els paràsits o els ous es poden eliminar amb les deposicions. En general, per obtenir-ne la mostra, hom demana al pacient que reculli una part de les matèries fecals que expulsa al llarg d’alguns dies i que les dipositi en un pot hermètic i asèptic, en espera de dur-les al laboratori. L’anàlisi del líquid cefalorraquidi se sol·licita en els casos en què hom sospita la propagació de microorganismes cap als teixits que conformen el sistema nerviós central, com s’esdevé, per exemple, en casos de meningitis o encefalitis. La mostra s’obté realitzant una punció lumbar en l’espai comprès entre la quarta i la cinquena vèrtebra lumbar, amb una agulla especial amb què es travessen igualment les meninges que recobreixen la medul·la espinal, i finalment s’extreu una petita quantitat del líquid.
D’altra banda, en molts casos se sol·liciten anàlisis de secrecions procedents de lesions cutànies o mucoses, com per exemple les que exsuden les lesions uretrals de les quals se sospita un origen infecciós. En aquests casos, doncs, les mostres d’aquestes secrecions es recullen amb un estri especial amb el qual hom frega lleument la lesió alhora que es prem també amb suavitat perquè es dreni.
Després que s’ha obtingut la mostra de qualsevol d’aquestes secrecions, és enviada al laboratori per tal d’establir-ne la diagnosi etiològica.