Les cèl·lules fúngiques, és a dir, les cèl·lules dels fongs, són constituïdes, de dins enfora, pel nucli cel·lular; la membrana nuclear, que delimita el nucli; el citoplasma; la membrana citoplasmàtica, i la paret cel·lular.
El nucli de la cèl·lula fúngica, com el dels protozous i el de les cèl·lules dels organismes superiors, conté ADN, on es troba la dotació genètica del microorganisme, a més d’ARN i diverses proteïnes.
La membrana nuclear és una estructura proteica que protegeix i delimita el nucli cel·lular: impedeix que diversos elements del citoplasma hi penetrin.
El citoplasma de la cèl·lula fúngica es compon bàsicament d’aigua, però conté diverses estructures que són fonamentals per al metabolisme del microorganisme, com ara les mitocòndries, que produeixen energia, i els ribosomes, que elaboren les proteïnes.
La membrana citoplasmàtica de la cèl·lula fúngica és similar a la dels bacteris, per bé que característicament conté esterols, un tipus de lípid que la fa sensible a l’acció d’uns determinats antibiòtics.
La paret cel·lular dels fongs és una estructura compacta formada bàsicament per compostos de sucres i quitina, una substància dura que també es troba en la cuirassa o esquelet exterior dels insectes i els crustacis. La funció de la paret cel·lular és oferir sosteniment, rigidesa i resistència al microorganisme.
La cèl·lula fúngica es classifica com a eucariota principalment perquè el seu nucli té ADN i es troba envoltat per una membrana nuclear, i també perquè el seu citoplasma conté mitocòndries. Això no obstant, comparteix amb les cèl·lules procariotes el fet que tenen una paret cel·lular.