Els fongs tenen diversos mecanismes de reproducció, segons les espècies o les condicions fisicoquímiques del medi. Esquemàticament, aquests són la gemmació, la fragmentació i l’esporulació.
La gemmació consisteix en la formació d’un rovell o botó en un punt determinat de la cèl·lula mare, a partir del qual es forma la cèl·lula filla. En les fases incipients, el rovell es compon de rèpliques dels àcids nucleics de la cèl·lula mare, i de diverses estructures citoplasmàtiques, com ribosomes i mitocòndries. Posteriorment, aquests elements s’envolten amb les seves pròpies membrana citoplasmàtica i paret cel·lular i, finalment, el rovell sencer es desprèn, i es constitueix una cèl·lula nova. La gemmació és la forma característica de reproducció d’alguns llevats.
La fragmentació constitueix un mitjà de reproducció típic de les hifes, que, quan per alguna raó s’esqueixen, conserven la capacitat de regenerar-se i reproduir-se per a formar-ne una de nova.
L’esporulació consisteix en la formació d’espores, estructures de forma esfèrica o oval, petites, compactes i resistents, que tenen el contingut genètic i estructural dels fongs que les produeixen i la capacitat de germinar, és a dir, d’originar nous fongs, quan les condicions fisicoquímiques de l’entorn són favorables.
Tant les floridures com els llevats es poden reproduir per esporulació. Els llevats solen produir les espores en sèrie, de manera que a partir d’un llevat es pot formar una llarga cadena de pseudohifes, és a dir, d’espores connectades entre elles, que esperen el moment favorable per a germinar. Les floridures solen produir i emmagatzemar les espores en diverses estructures saculars que es formen als micelis aeris o reproductius, i des de les quals posteriorment s’escampen pel medi.
Hi ha nombroses espècies de fongs que tenen un mecanisme de reproducció sexual, gràcies al qual una cèl·lula femella rep el contingut genètic d’una cèl·lula mascle i el fusiona amb el seu, tot originant la formació d’un ou o zigot. Aquests zigots, que tenen el mateix contingut genètic del fong que els ha originat, es desenvolupen al seu interior constituint unes estructures anomenades espores sexuades, les quals, com les espores, són constituïdes de tal manera que es poden emmagatzemar, escampar-se i, finalment, germinar.