El cicle vital dels protozous varia molt d’una espècie a l’altra, i pot constar de nombroses etapes, durant les quals l’organisme madura, adopta formes resistents, passa del medi extern o d’un hoste a un altre hoste, i es reprodueix.
Durant l’etapa adulta, en què el microorganisme es pot desenvolupar i reproduir, el protozou és anomenat trofozou (del grec antic trophḗ, ‘alimentació’, i zôon, ‘animal’). Totes les espècies de protozous passen, en algun moment del cicle vital, per una etapa durant la qual s’anomenen trofozous, per bé que sovint es coneguin amb noms més específics. Segons les espècies i les condicions fisicoquímiques de l’entorn, els trofozous es poden enquistar o reproduir.
Quan les condicions fisicoquímiques de l’entorn no són favorables per a la reproducció, els trofozous esdevenen quists, és a dir, es recobreixen, o s’aïllen a l’interior d’una membrana compacta que els permet de resistir, per exemple, la sequedat o el fred ambiental. Aquests quists poden contenir, segons les espècies, un, alguns o molts trofozous al seu interior. Més endavant, si les condicions ambientals són favorables, l’embolcall d’aquests quists s’hidrata i s’obre, i els trofozous que conté reinicien el cicle vital. En alguns casos, el pas de trofozou a quist i de quist a trofozou es pot produir diverses vegades.
Els trofozous es reprodueixen per gemmació o bé per divisió o multiplicació cel·lular, originant nous organismes més immadurs que els trofozous, que s’anomenen esquizonts o merozoïts, els quals al seu torn poden madurar transformant-se novament en trofozous, o bé enquistar-se transitòriament.
Algunes espècies de protozous també es poden reproduir sexualment, ja que els trofozous o els merozoïts, de vegades, maduren diferenciant-se en gàmetes femenins i gàmetes masculins. Posteriorment, com també s’esdevé en la majoria de les espècies animals, el contingut genètic de tots dos gàmetes es fusiona i es forma un ou o zigot. Aquests ous ràpidament s’encapsulen i adopten una forma resistent anomenada ooquist, mentre el seu contingut es multiplica i origina, per tant, diverses cèl·lules. Més endavant, quan les condicions físiques i químiques de l’entorn són favorables, l’ooquist s’esqueixa i permet que els protozous immadurs reproduïts sexualment, és a dir, els anomenats esporozoïts, surtin a l’exterior. Finalment, els esporozoïts maduren i es transformen en trofozous, i s’inicia novament el cicle reproductiu, que pot ésser sexual o asexual.