La mucosa de l’intestí prim té tres tipus d’estructures, gràcies a les quals la superfície d’absorció i secreció d’aquest òrgan, que tot sol ja fa uns set metres de llargada, es multiplica unes sis-centes vegades. Aquestes estructures són, per ordre drecreixent segons la grandària, les anomenades vàlvules connivents, les vellositats i les microvellositats.
Les vàlvules connivents, anomenades també plecs circulars o vàlvules de Kerckring són uns plecs de forma circular o espiral que descriu la mucosa i que es projecten cap a la llum intestinal. Aquestes estructures tenen pocs mil·límetres d’amplada i fins a 8 mm d’alçada; al duodè i el jejú són més voluminoses i nombroses, i esdevenen progressivament més escasses i petites, fins que a la fi de l’ili desapareixen. La capa muscular de la mucosa entra a les vàlvules connivents; així, quan les fibres musculars es contreuen els confereixen un moviment oscil·latori.
Les vellositats intestinals són projeccions digitiformes que descriuen la làmina pròpia i l’epiteli de la mucosa de l’intestí prim, de 0,5 a 1 mm d’alçada i de menys de 0,1 mm d’amplada, que cobreixen tota la superfície interna d’aquest òrgan. Cada vellositat té, al llarg de la làmina pròpia que n’ocupa la part central, una profusa xarxa de capil·lars sanguinis que emergeixen i s’aboquen respectivament en una arteriola central i una vènula central. Igualment, en aquesta regió es forma un petit capil·lar limfàtic, anomenat quilífer central, que més endavant conflueix amb d’altres i finalment desemboca als vasos limfàtics de l’intestí prim. Als espais de la superfície intestinal compresos entre les vellositats es poden observar uns orificis petits, pels quals surten les secrecions elaborades a les anomenades glàndules o criptes de Lieberkühn. Aquestes glàndules, que es distribueixen al llarg de tota la làmina pròpia de la mucosa de l’intestí, elaboren i secreten moc i alguns enzims que intervenen en la digestió.
Les microvellositats intestinals són unes estructures microscòpiques filiformes que emergeixen de la superfície de les cèl·lules de l’epiteli de la mucosa de l’intestí prim; cadascuna d’aquestes cèl·lules disposa d’aproximadament set-centes microvellositats.
Aquestes microvellositats incrementen substancialment la superfície amb capacitat d’absorció que correspon a l’intestí prim.
Una altra característica de la mucosa de l’intestí prim és la presència de nòduls limfàtics, o acumulacions de teixit limfoide, al si de la làmina pròpia. Aquests nòduls solen tenir un diàmetre menor als tres mil·límetres. Tanmateix, però, en els infants i les persones joves tendeixen a confluir formant unes estructures limfàtiques allargades, de fins a dotze centímetres de llargada, que són anomenades plaques de Peyer.
Hi ha tres tipus de glàndules que aboquen les substàncies elaborades a l’intestí prim. Aquestes glàndules són el fetge i el pàncrees, que aboquen les seves secrecions a la segona porció del duodè; les ja esmentades criptes de Lieberkünh, que buiden les secrecions elaborades a través dels orificis intercalats entre les vellositats, i les anomenades glàndules de Brunner. Les glàndules de Brunner, que es troben en la submucosa exclusivament al duodè, elaboren moc i el secreten a les criptes de Lieberkühn, i, a través d’aquestes, el fan arribar a la llum intestinal. D’altra banda, les cèl·lules de l’epiteli de la mucosa intestinal també elaboren i secreten moc.