El duodè és un òrgan cilíndric, d’uns 26 cm de llargada i uns 3 cm de diàmetre, que comunica per dalt amb la regió pilòrica de l’estómac i per sota desemboca al jejú, en una zona anomenada angle duodeno-jejunal o angle de Treitz. Aquest òrgan, que es troba a la regió central de la cavitat abdominal, desplaçat cap a la dreta, descriu una forma de lletra C i consta esquemàticament de quatre porcions o segments que fan angle entre si.
La primera porció o bulb duodenal es projecta des de la regió pilòrica de l’estómac cap a la dreta i es relaciona amb el fetge per davant i els conductes biliars per darrere.
La segona porció duodenal, la més llarga, es projecta verticalment cap a baix i es relaciona per davant amb l’intestí gros; per darrere amb l’anomenada fàscia de Treitz, una làmina de teixit conjuntiu a la qual es troba soldada, amb la vena cava inferior i amb el ronyó dret; per la cara externa amb l’intestí gros i el fetge, i per la cara interna amb el pàncrees, al cap del qual o regió més voluminosa s’adhereix. En la cara posterointerna de la segona porció del duodè, en una dilatació de la paret duodenal anomenada ampul·la de Vater, desemboquen els conductes que transporten les secrecions procedents del fetge —és a dir, de la vesícula i les vies biliars— i del pàncrees. Les secrecions hepàtiques flueixen a través del colèdoc; les secrecions del pàncrees, a través d’un conducte principal, anomenat conducte de Wirsung, i d’un de més estret, anomenat conducte de Santorini. En algunes persones el conducte de Wirsung no desemboca directament al duodè, sinó que ho fa al colèdoc, a través del qual s’aboquen les secrecions elaborades a l’intestí prim. Les fibres musculars del sector de la paret duodenal que voreja el punt de desembocadura del colèdoc, o del colèdoc i el conducte de Wirsung junts, s’espesseeixen i formen l’anomenat esfinter d’Oddi.
La tercera porció duodenal es projecta novament cap a l’esquerra de la cavitat abdominal i forma un angle recte amb la segona. Per davant es relaciona amb el peritoneu, la capa de teixit conjuntiu que cobreix l’interior de la cavitat abdominal; per darrere està soldada a la fàscia de Treitz; per dalt entra en contacte amb el pàncrees i per sota ho fa amb d’altres nanses intestinals.
La quarta porció duodenal es projecta novament cap amunt, i es localitza per sota d’altres nanses intestinals i el sector antral de l’estómac, fins que desemboca, formant un angle molt tancat —el ja esmentat angle de Treitz—, al jejú.
La irrigació sanguínia del duodè procedeix de diverses artèries, o branques d’aquestes, que irriguen l’estómac i el pàncrees. Les més importants són la gastroepiploica dreta, la pilòrica i les pancreàtico-duodenals. La circulació venosa, que s’origina a la capa submucosa del duodè, és abocada a la vena mesentèrica superior, que al seu torn desemboca en la cabalosa vena porta, que fa arribar la sang fins al teixit hepàtic.
La innervació del duodè depèn del sistema nerviós autònom, a través del nervi vague i del plexe solar.